2006年6月3日，学校党委常委会研究决定同意金沙威尼斯欢乐娱人城分党委2006年5月19日换届选举结果：由刘正平、张俊波、方维海、汪辉亮、王磊、刘红云、欧阳津、张站斌、韩京萨9位同志组成中共金沙威尼斯欢乐娱人城委员会，刘正平同志任分党委书记，张俊波同志任分党委副书记。

金沙威尼斯欢乐娱人城2006年度国家自然科学基金获资助创佳绩。近年来，金沙威尼斯欢乐娱人城的科研工作进展成果显著。9月，根据我校公布的2006年度国家自然科学基金评审结果，金沙威尼斯欢乐娱人城共有17项国家自然科学基金资助项目获准通过，研究经费总计505万元，获准项目数和项目总经费均居全校首位。

10月14—18日，金沙威尼斯欢乐娱人城北亚博创业团队参加第五届“挑战杯”飞利浦中国大学生创业计划竞赛终审决赛，在来自全国各地的110个团队中脱颖而出，勇夺金奖，为金沙威尼斯欢乐娱人城和金沙威尼斯欢乐娱人城再添佳绩。同时，我院的鲲鹏药业团队在首都大学生创业计划大赛上也取得了二等奖的好成绩，展示了我院学生良好的科技创新能力和创业素质。

10月27日下午，教育部科技司专家一致同意筹建3年的放射性药物教育部重点实验室顺利通过验收。放射性药物教育部重点实验室（筹）自2003年12月立项以来，经过近3年的建设，已经成为我国放射性药物领域的领头羊。放射性药物教育部重点实验室正式通过验收并挂牌成立，标志着我校在放射性药物领域已经取得突出成果，成为我国重要的放射性药物研究基地和人才培养基地。

9月15日，北京市教育委员会批准金沙威尼斯欢乐娱人城化学实验教学中心获“北京市高等学校实验教学示范中心”的称号，这是我校继2005年生命科学学院获得该类称号的第二个单位。另外，由金沙威尼斯欢乐娱人城出版社出版的《化学综合实验》为2007年度北京市精品教材立项项目。

11月10日，有机化学学科带头人、国家杰出青年基金获得者成莹教授入选2006年度“新世纪百千万人才工程”国家级人选，成为我院入选此工程的第一人。

12月5日，2006年北京市优秀人才培养资助个人项目资助评审结果公布，我院秦卫东副教授的“基于离子液体的双水相萃取一毛细管电泳联用技术检测中草药中黄酮类成分”获得北京市优秀人才培养资助个人项目资助。评审结果显示我校共有7名教师获得资助，资助金额总计19万元。

12月5日，经海淀区第七届政协第二十二次常委会议决定，我院的王明召副教授当选为海淀区第八届政协委员。

9月8日，尹冬冬教授获第二届钱瑗教育基金优秀教师奖，全校共有10位教师获奖。

12月15日，在校级重点实验室评估验收中，学院的计算化学实验室评估成绩为优秀。

9月15—16日，中国共产党金沙威尼斯欢乐娱人城第十一次代表大会召开。12月6日，学院申秀民获评北京高校优秀辅导员。